В 1801 году Джон, уже в звании мичмана, поступил под начало родственника, капитана Мэтью Флиндерса, и отплыл в свою первую исследовательскую экспедицию. Во время плавания была составлена опись береговой линии открытого голландцами материка, который после выхода книжки Флиндерса «Путешествия в Terra Australis» (Южную Землю) назовут Австралией. Франклин тогда впервые хлебнул настоящей соленой каторги. Выстаивал бесконечные вахты, чтобы после забыться коротким сном в своей каюте, прозванной за его драчливый нрав «петушиной ямой». Дождавшись сигнала «Ростбиф старой Англии», звавшего на обед, вместе со всеми уплетал гороховый суп с кусками солонины. И вслед за товарищами на себе испытал справедливость популярной поговорки «Красавица может поразить сердце моряка, но дьявол не в состоянии поразить его желудок».
Флотская служба поболтала Джона по свету. Он участвовал в антинаполеоновских кампаниях, в том числе командовал сигнальщиками при Трафальгаре. Служил в Ла-Маншской флотилии, ходил в водах Южной Америки, получил ранение под Новым Орлеаном. В Англию уже лейтенантом вернулся только после заключения мира, в 1815-м, и оказался списанным на берег. По счастью, в это время адмиралтейство объявило о проекте исследования Арктики.
«Трент» вернулся на родину с единственным «открытием»: преодолеть сковавшие Северный полюс льды невозможно. Уже на следующий год Элионор с женихом вновь прощались: Франклин отправился в сухопутное путешествие по канадскому побережью. Вернулся он только через несколько лет, но уже в звании капитана первого ранга и абсолютным триумфатором. Поход сопровождался нечеловеческими лишениями: морозы доходили до пятидесяти семи градусов, а местные индейцы не отличались гостеприимством. Люди страдали от цинги и куриной слепоты, а когда кончился провиант, единственной пищей стали чахлый мох, полусгнившие оленьи шкуры, даже срезанная с обуви кожа. Так Джон на долгие годы стал для лондонцев «господином, который ел свои сапоги».
Летом 1823 года они с Элионор обвенчались, а вскоре родилась дочь Элионор Изабелла. Джейн Гриффин между тем упорхнула в очередной европейский вояж. Миссис Франклин давно кашляла кровью, беременность и роды только усугубили болезнь. В феврале 1825-го, когда Джон засобирался в очередное путешествие, она вручила ему шелковый британский флаг, попросив развернуть его на берегу Арктического моря. Через несколько дней после отплытия экспедиции, не дожив до тридцатилетия, женщина скончалась. В газетах писали, что Элионор Франклин умерла за великое дело — Арктику. В тот раз Джон дошел до границ русской Аляски.
