Жизнь Склифосовского была подчинена строгому распорядку, в том числе — в заботе о собственном здоровье. Он круглый год купался и плавал, зимой во льду Невы для него делали прорубь, и каждое утро Николай Васильевич в нее окунался. Железная воля и осознание важности своей миссии, вероятно, помогали справляться с испытаниями, которые жизнь постоянно на него обрушивала и каждое из которых могло бы уничтожить более слабого человека.
Старшая дочь Софья была инвалидом с детства, доподлинно неизвестно, как оборвалась ее короткая жизнь, — говорили, что утопилась в реке. Умер младенцем сын Борис, Константин скончался от туберкулеза почек в шестнадцать. Трагически погиб старший, Владимир — в шестнадцать лет вступил в террористическую организацию и ему поручили убить губернатора Полтавы Катеринича, друга семьи. Юноша понял, что не в силах пойти на убийство, и покончил с собой.
После этого Николай Васильевич надолго затворился в своем имении Яковцы Полтавской губернии на берегу Воркслы. Все годы жизни там Склифосовский бесплатно лечил местных жителей, основал крестьянскую школу. Имение называлось Отрада, но после самоубийства Владимира отец запретил так называть дом. Он пытался найти забвение и утешение в работе на земле, занялся садом. Скончался Склифосовский тридцатого ноября 1904 года от инсульта. Похоронили его неподалеку от места Полтавской битвы. На могиле выбили девиз: «Светя другим, сгораю сам».
Несчастья, преследовавшие его семью, на этом не закончились. На Русско-японской войне погиб сын Николай, в Гражданскую где-то сгинул другой — Александр. В 1919-м лютую смерть приняли жена и дочь великого ученого. Софья Александровна к тому времени была парализована, Тамара (ее муж служил в Добровольческой армии) осталась при матери. Имелась у женщин охранная грамота, подписанная Лениным, защищавшая семью Склифосовского от репрессий. Вот только не спасла эта бумага, когда анархисты-бибиковцы ворвались в Яковцы и увидели на стене большой портрет Николая Васильевича в генеральском мундире, приняв его за царя. Несчастных женщин вытащили во двор, Софью Александровну зарубили саблями и лопатами сразу, а израненную изнасилованную Тамару повесили за ноги на дубе. Дочери Тамары Надежда и Ольга успели бежать вместе с отцом за границу. Ольга оказалась в Швейцарии и дожила до глубокой старости.
