При этом он не желал сосредоточиваться только на «мирной» карьере — и с готовностью отправлялся на театр военных действий. Австро-прусская война, франко-прусская, сербско-черногорско-турецкая, Русско-турецкая... лазареты Красного Креста в Черногории. Более десяти лет Николай Васильевич то и дело оказывался в самой гуще кровавых мясорубок — как полковой врач и военно-полевой хирург, а позже — ведущий хирург Русской императорской армии. Не было ранения, перелома или тяжкого увечья, с которыми Склифосовский не имел бы дела. Конечно, последовали новые научные работы, связанные с актуальной специализацией — военно-медицинским и военно-санитарным делом. Кстати, именно Николай Васильевич осуществил еще один прорыв: на Русско-турецкой войне руководил группой женщин-врачей, посмевших выбрать хирургическую специальность и в профессиональном сообществе встречавших раздражение и скепсис.
В 1879 году Склифосовский сделал первую гастростомию (оперировал больного с раком пищевода), завершившуюся благополучно. Следующий год ознаменовался очередным этапом в карьере — Москва, тот самый университет, где четверть века назад Николай Васильевич сам учился врачебному делу. Он стал деканом медицинского факультета, а возглавляемая им университетская клиника вскоре прославилась как лучшая в Европе. Именно он первым потребовал тщательно обеззараживать инструменты, поверхности и руки, а также настоял на стерильных халатах для персонала. В результате в клинике практически отсутствовали послеоперационные осложнения, косившие пациентов в других больницах. Постепенно антисептический подход Склифосовского стали перенимать остальные.
Антисептика и асептика вообще были его «пунктиком» — слишком много довелось повидать на войне, он хорошо знал, насколько легко занести инфекцию и погубить человека даже после успешной операции. В то время медицинское сообщество к антисептике относилось с предубеждением. Российские гениальные врачи — Пирогов, Рейер, Бергман — пытались ее пропагандировать, но натыкались на глухую стену, и лишь Склифосовскому удалось пробить в ней брешь. Авторитет его к тому времени был огромен, и речь об асептике и антисептике, которую Николай Васильевич произнес на Первом Всероссийском съезде врачей в 1885 году, произвела фурор. Москва, а затем и вся империя сняла оборону — подход к гигиене изменился необратимо.
