Обучение в лицее длилось шесть лет и по статусу приравнивалось к университетскому. Первые три года — так называемый начальный курс — изучались предметы старших классов гимназии. Три последующих — окончательный курс — содержал основные предметы трех факультетов университета: словесного, нравственно-политического и физико-математического.
Среди предметов значились этика, логика, правоведение, отдельно риторика и словесность — русская, французская, латинская и немецкая. Точные науки были представлены математическими началами, физикой и космографией, статистикой. Большое внимание уделялось гимнастике и изящным искусствам — лицеисты занимались чистописанием, рисовали, учились танцевать и фехтовать.
В Царское Село привлекли лучших преподавателей. Куницын, Кайданов и Карцов — выпускники Петербургского педагогического института — совершенствовали свои знания в Геттингене, Йене и Париже. Такие педагоги наставляли, «не затемняя ума детей пространными изъяснениями, а возбуждая собственное его действие», то есть учили мыслить, рассуждать, искать истину.
О директоре лицея Василии Федоровиче Малиновском Александр Горчаков писал своему дяде: «Я не найду выражения для похвалы Малиновского, какой прекрасный и какой достойный человек. Он относится к нам как к своим детям и не делает разницы между нами и своим сыном». Лучшей мерой воспитания директор считал личные беседы с подопечными. Он подолгу гулял с мальчишками и даже приглашал их в собственный дом — для воспитанников, которые по правилам лицейской жизни не имели права ездить домой, это был настоящий праздник. Для практических занятий школяров ботаникой, чтобы «упражняться в охотку в садоводстве», он использовал дачу тестя, которая находилась между Царским Селом и Павловском. Когда Малиновский скоропостижно скончался в 1814 году, мальчишки искренне горевали.
В манеже лицеисты занимались верховой ездой, купались в специально оборудованной купальне на Большом пруду. Зимой на Зеркальных прудах катались на коньках. Особенно весело гулялось в каникулярное время, когда Царское Село становилось «Петербургом в миниатюре». У гауптвахты играл военный оркестр, аллеи парка заполняла нарядная публика, давались разные представления. Осенью же, как остроумно заметил Олосенька Илличевский, «все запрется в домы, разъедется в столицу... Чем убить такое скучное время? Вот тут поневоле призовешь к себе науки».
