Каплан препроводили в Лукьяновскую тюрьму, сфотографировали, дактилоскопировали, описали приметы: «Рост около 156 см, телосложение среднее, лицо бледное, глаза продолговатые, карие, с опущенными уголками, волосы темно-русые, над правой бровью рубец от раны».
Длившееся неделю расследование установило: бомба предназначалась для киевского, подольского и волынского генерал-губернатора Владимира Сухомлинова.
На допросах Фанни ни в чем не созналась и подельников не выдала, в том числе и своего возлюбленного, который, сбежав из гостиницы, залег на дно и не подавал вестей. Про себя лишь сообщила, что постоянно живет в Одессе, в доме тридцать восемь по Разумовской улице на Молдаванке. Отец — учитель хедера, еврейской религиозной начальной школы. Кроме нее в семье еще семеро детей.
К анархистам Фанни попала случайно. Выучившись на белошвейку, устроилась в одесскую мастерскую. Но бесконечные взмахи иглой навевали глубокую тоску и казались каторгой: девушка еще не подозревала, что вскоре это слово обретет для нее буквальный смысл.
Новая компания «ниспровергателей основ» пришлась ей по вкусу — в боевой организации состояло немало энергичных молодых людей. Об опасности вчерашняя белошвейка не задумывалась, а атрибуты тайны — явки, пароли, револьверный блеск, собрания в укромных местах — будоражили кровь миниатюрной пышноволосой брюнетки, получившей кличку Дора. Присутствие же Гарского заставляло трепетать девичье сердце...
Дело Каплан военно-полевой суд рассматривал тридцатого декабря 1906 года. Пятеро офицеров — полковники Немилов и Липинский, подполковник Пацевич, капитаны Богатырев и Тиньков — решили судьбу мещанки, «именующейся Фейгой Хаимовой Каплан, преданной суду начальником войск Киевского гарнизона по обвинению в изготовлении, хранении, приобретении и ношении взрывчатых веществ с противною государственной безопасности и общественному спокойствию целью». Ее лишили всех прав и состояния и обрекли на бессрочную каторгу. Приговор был «обращен к исполнению 8 января 1907 года».
К месту своего вечного пристанища Каплан предстоял мучительный путь пешком, ибо как «склонная к побегу», она должна была проделать его в ручных и ножных кандалах под охраной — в далекое Забайкалье. В длинное путешествие осужденные пускались не сразу — долго, порой месяцами ожидая, когда их включат в этапную партию. Подробности изнурительной дороги Каплан неизвестны. Но скорее всего, большую часть огромного пути она и впрямь преодолела пешком, так как добралась до Нерчинской каторги лишь двадцать второго августа 1907 года.