Андрей Малахов родился 11 января 1972 года в городе Апатиты (Мурманская область).
Отец — Николай Дмитриевич Малахов (1947—2006) , геофизик (был направлен в город Апатиты изучать ископаемые Кольского полуострова), инженер, в последние годы работал в строительной компании, умер от тяжёлой болезни сердца.
Мама — Людмила Николаевна (воспитатель и заведующая детским садом, специализирующемся на коррекции зрения).
Окончил факультет журналистики МГУ им. М.В. Ломоносова в 1995 году с красным дипломом. В течение полутора лет стажировался в Мичиганском университете в США.
С 2011 года женат на Наталье Викторовне Шкулёвой (31.05.1980), издателе группы журналов «ELLE». Сын — Александр Андреевич Малахов (16.11.2017).
Андрей Малахов - крёстный отец Аллы-Виктории и Мартина-Кристина — детей Филиппа Киркорова.
