Родился 25 ноября 1968 года в Вильнюсе. Отец Эрнеста — режиссёр Гедрюс Мацкявичюс. Мать Марина Мацкявичене — журналист газеты «Вечерняя Москва».
Окончил московскую школу № 579 затем проходил срочную службу в пограничных войсках. В 1994 году окончил газетное отделение факультета журналистики МГУ.
Учился на одном курсе вместе с будущими коллегами по старому НТВ Владимиром Ленским, Сергеем Гапоновым, Вячеславом Грунским, Андреем Черкасовым, Александром Хабаровым и Владимиром Чернышёвым.
Также обучался некоторое время на одном курсе с Андреем Малаховым и Дмитрием Лесневским, которые, в силу разных обстоятельств, окончили университет позднее.
На телевидении работает с 1991 года. Начинал в телекомпании «ВИD» корреспондентом и ведущим программы «13-31».
Затем работал в программе «Архипелаг» на 1-м канале Останкино; в качестве российского корреспондента делал материалы для международного тележурнала «Центральный экспресс».
С 1992 по 1993 год работал корреспондентом программы «Панорама» на 1-м канале Останкино.
В 1993 году по приглашению сокурсника Владимира Ленского переходит на только что образованный телеканал НТВ. С осени 1993 и до апреля 2001 года был парламентским корреспондентом в информационных программах этого телеканала.
14 апреля 2001 года, в день перехода телеканала НТВ под контроль «Газпром-Медиа», Мацкявичюс покидает телеканал вместе с командой Киселёва и переходит на работу в телекомпанию ТВ-6.
С мая 2001 по январь 2002 года — парламентский корреспондент службы информации телеканала ТВ-6. Был корреспондентом в первом российском реалити-шоу «За стеклом». Принимал участие в программе «Тушите свет» с Хрюном Моржовым и Степаном Капустой в качестве ведущего.
На протяжении осени 2001 года разрабатывал для канала ТВ-6 идею еженедельной авторской программы «Завтра», но по техническим причинам идея так и не была реализована.
Спустя неделю после отключения ТВ-6 Мацкявичюс позвонил своему бывшему начальнику Олегу Добродееву, на тот момент занимавшему должность председателя ВГТРК, и предложил ему просмотреть уже смонтированный пилотный выпуск программы «Завтра»; другие возможности самореализации в составе творческого коллектива шестого канала, возобновившего выход в эфир в июне 2002 года под названием ТВС, он рассматривать не стал.
На телеканале «Россия» работает с февраля 2002 года: изначально был автором и ведущим ежедневной утренней программы «Пролог»; с августа 2002 по октябрь 2005 года — постоянный ведущий канала «Доброе утро, Россия!»; ведущий предвыборных дебатов на парламентских и президентских выборах в 2003—2004 и 2007—2008 годах[.
С ноября 2005 по май 2006 года — ведущий программы «Вести. Подробности» поочерёдно с Дмитрием Дибровым.
С мая 2006 года вёл выпуски «Вестей» в 17:00 и программу «Вести+». В августе 2008 года в период отпуска Андрея Кондрашова заменял его на месте ведущего воскресных выпусков «Вестей» в 20:00.
С сентября 2008 года представляет программу «Вести» в 20.00 вместе с Мариной Ким, Татьяной Ремезовой, Салимой Зариф и Ириной Россиус. С мая 2016 года ведёт программу единолично, еженедельно чередуясь с Андреем Кондрашовым, а ныне с Игорем Кожевиным.
В 2006—2008 годах — ведущий линейного эфира выпусков новостей круглосуточного информационного телеканала «Вести» (ныне — «Россия-24»).
В 2008—2011 годах вместе с Марией Ситтель вёл ежегодную программу «Разговор с Владимиром Путиным: продолжение».
Является неоднократным участником и победителем шоу «Форт Боярд». Участвовал в телеигре «Сто к одному» дважды: в выпуске 29 апреля 2000 года в составе команды литовских деятелей искусства «Локис», и 15 мая 2011 года в составе команды телеведущих «Вести в кадре».
С 13 сентября 2015 года по 2 января 2016 года являлся (в паре с Наргиз Закировой, позднее с Мариной Кравец) ведущим второго сезона вокального проекта «Главная сцена» на телеканале «Россия-1». В мае 2016 года вместе с Дмитрием Губерниевым в эфире из Стокгольма комментировал конкурс Евровидение 2016.
С 2017 года — основатель, руководитель и преподаватель Первой Академии Медиа МИРБИС.
